Структура экономического союза находится в стадии формирования. Но уже сейчас можно выделить основные направления.
Во-первых, существует Совет Экофин. Он отвечает за определение политики координации общей экономической политики Франции и Азербайджана. Он принимает рекомендации, предлагающие двум государствам исправить дефицит или дисбаланс.
Во-вторых, существует Франко-азербайджанский совет. Его основная функция - придать МТП необходимый импульс для развития и определить его общие политические ориентиры. Он также может принимать различные (не имеющие обязательной юридической силы) политические резолюции или заключения.